硅膠基質液相色譜柱不能耐受高PH，可以選擇雜化硅膠顆粒或者聚合物基質的色譜柱，多點鍵和的色譜柱在高PH下也會比單點鍵和的色譜柱壽命更長。
如何更好的使用硅膠基質液相色譜柱：
1.拿到色譜柱后先閱讀說明書，了解硅膠基質液相色譜柱的具體性能：耐受溫度、耐受PH等。以及色譜柱的沖洗和保存條件。經過柱校測試確認色譜柱本身沒有問題后方可正常使用。
2.樣品充分前處理，確保樣品的潔凈；使用保護柱或在線過濾器，根據實際情況更換保護柱芯或濾片。
3.避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。
4.應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中如果流動相中使用了緩沖鹽，避免出現鹽析。
5.選擇使用適宜的流動相（尤其是PH），以避免固定相被破壞，PH過低共價鍵斷裂，鍵和相水解；PH過高硅膠溶解。
6.色譜柱使用過程中，如果壓力升高，或出現污染，選擇適當的條件沖洗或反沖。
硅膠基質液相色譜柱的保存時間：
根據保存時間的長短可分為短期保存和長期保存。
短期保存：一般不超過72小時即可視為短期保存，此時色譜柱可以直接保存在方法流動相中，但含有緩沖鹽流動相的要保存在不含緩沖鹽的過渡流動相中，如流動相是乙酸銨-甲醇，保存溶劑是水-甲醇。
長期保存：如色譜柱暫時不用，需要長時間保存，必須經清洗后存于合適的溶劑下。長期保存條件下，合適溶劑的選擇就需要依據色譜柱的基質類型來確定了。下面就從不同的基質類型角度談一談色譜柱的正確保存。
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